电影讲述了江湖女侠聂隐娘，在执行任务中偶然与大理寺少卿司马笙安相遇，不料两人因一场命案陷入重重谜团，为了自己的使命揭开谜团寻找真相的故事。。故事发生在日本动乱的幕末时期，因父亲的神秘失踪而决定女扮男装前往京都探访的主角雪村千鹤，因缘际会之下加入了新选组，从此和新选组展开与黑暗的战斗。。
